L’attuale sede del seminario sorge sulla collina di Capodimonte e fu inaugurata dal cardinale Alessio Ascalesi (Arcivescovo di Napoli dal 1924 al 1952) il 24 giugno del 1934. La sua costruzione venne suggerita dal cardinale Alfredo Idelfonso Schuster, in visita a Napoli, perché la vecchia struttura era ormai diventata angusta e non più rispondente alle esigenze pedagogiche e formative dei seminaristi: oggi l’antica sede accoglie l’Archivio Storico Ecclesiastico.
Il progetto di costruzione fu affidato all’ingegnere Tirone che, nel realizzarlo, si ispirò al palazzo reale e, su suggerimento di papa Pio XI, fu realizzato un ampio terrazzo ad emiciclo, che offre un bel panorama sulla città e il golfo di Napoli. Successivamente, negli anni ’50 e nella fine degli anni ’60, l’edificio fu ampliato e in parte modificato. Nel 1973 lo studentato teologico fu scorporato dal seminario e trasferito dal cardinale Corrado Ursi nella nuova sede della Pontificia Facoltà di Teologia dell’Italia Meridionale – sez. s.Tommaso.
Il medesimo presule il 29 giugno 1985 intitolò il seminario al cardinale Alessio Ascalesi, proponendolo come modello di zelo e carità pastorale per la chiesa di Napoli, appena rinnovata dal XXX Sinodo diocesano. Nel 2003 l’arcivescovo metropolita Michele Giordano ha trasferito presso il seminario di Capodimonte la comunità del seminario minore e, nel 2004, anche il Centro Diocesano Vocazioni.
Cfr R. DE MAIO, Le origini del Seminario di Napoli. Contributo alla storia napoletana del Cinquecento, Napoli 1957, pp.50-61.